Einheit für Tiefensequenzierung

Einheit für Tiefensequenzierung

Als Einheit für Tiefensequenzierung sind wir Experten für genomweite Analysen. Um Forscher:innen bei der Umsetzung innovativer Projekte zu unterstützen, stellen wir modernste Sequenziertechnologie zur Verfügung. Gemeinsam mit der Einheit für Bioinformatik arbeiten wir an der Produktion von Sequenzdaten gemäß internationaler Qualitätsstandards.

Ein großes Augenmerk liegt auf der Entwicklung und Standardisierung der präanalytischen Probenvorbereitung. Einsatz von Pipettierrobotern und Labormanagementsystemen sind wichtige Stützen der standardisierten Datenproduktion.

Als zentrale Sequenzierplattform arbeiten wir mit Geräten der Firmen Illumina (NovaSeq, NextSeq, MiSeq) sowie Oxford Nanopore (GridION). Das Training junger Wissenschaftler:innen ist ein wichtiger Aspekt unserer Arbeit. In Laborkursen führen wir in die Herstellung von Sequenzbibliotheken sowie die Sequenziertechnologie ein. 

Weitere Informationen zu Technologien und Services der Einheit für Tiefensequenzierung finden Sie auf der englischsprachigen Webseite.


Ausgewählte Publikationen

1.
Arrigoni L, Ferrari F, Weller J, Bella C, Bönisch U, Manke T (2020)
AutoRELACS: automated generation and analysis of ultra-parallel ChIP-seq
Scientific Reports 10(1), 12400.
2.
Arrigoni L, Al-Hasani H, Ramírez F, Panzeri I, Ryan DP, Santacruz D, Kress N, Pospisilik JA, Bönisch U, Manke T (2018)
RELACS nuclei barcoding enables high-throughput ChIP-seq
Communications Biology 1, 214.
3.
Anatskiy E, Ryan DP, Grüning BA, Arrigoni L, Manke T, Bönisch U (2019)
Parkour LIMS: high-quality sample preparation in next generation sequencing
Bioinformatics 35(8), 1422-1424.
4.
Stunnenberg, HG, The International Human Epigenome Consortium (2016)
The International Human Epigenome Consortium: A Blueprint for Scientific Collaboration and Discovery
Cell 167(5), 1145-1149.
5.
Arrigoni L, Richter AS, Betancourt E, Bruder K, Diehl S, Manke T and Bönisch U (2016)
Standardizing chromatin research: a simple and universal method for ChIP-seq.
Nucleic Acids Research 44(7), e67.
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