Leitung der Einheit

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Dr. Thomas Manke
Telefon:+49 761 5108 738
E-Mail:manke@...

Ausgewählte Publikationen

1.
Ramírez, F.*, Lingg, T.*, Toscano, S.*, Lam, K. C.*, Georgiev, P., Chung, H.-R., Lajoie, B.,de Wit, E.,Zhan, Y., de Laat, W., Dekker, J., Manke, T.,Akhtar, A.
High-Affinity Sites Form an Interaction Network to Facilitate Spreading of the MSL Complex across the X Chromosome in Drosophila.
2.
Bulut-Karslioglu A, De La Rosa-Velázquez IA, Ramirez F, Barenboim M,Onishi-Seebacher M, Arand J, Galán C, Winter GE, Engist B, Gerle B, O'Sullivan RJ, Martens JH, Walter J, Manke T, Lachner M, Jenuwein T.
Suv39h-Dependent H3K9me3 Marks Intact Retrotransposons and Silences LINE Elements in Mouse Embryonic Stem Cells.
3.
Chelmicki T, Dündar F, Turley MJ, Khanam T, Aktas T, Ramírez F, Gendrel AV, Wright PR, Videm P, Backofen R, Heard E, Manke T, Akhtar A.
MOF-associated complexes ensure stem cell identity and Xist repression.
4.
Ramirez F*, Dündar F*, Diehl S, Grüning B J and Manke T (2014) *equal contribution
deepTools: a flexible platform for exploring deep-sequencing data.
5.
Barenboim M, Manke T.
ChroMoS: an integrated web tool for SNP classification,prioritization and functional interpretation.
6.
Bulut-Karslioglu A, Perrera V, Scaranaro M, de la Rosa-Velazquez IA, van de Nobelen S, Shukeir N, Popow J, Gerle B, Opravil S, Pagani M, Meidhof S, Brabletz T, Manke T, Lachner M, Jenuwein T.
A transcription factor-based mechanism for mouse heterochromatin formation.
7.
Lam KC, Mühlpfordt F, Vaquerizas JM, Raja SJ, Holz H, Luscombe NM, Manke T, Akhtar A.
The NSL Complex Regulates Housekeeping Genes in Drosophila
8.
Thomas-Chollier M, Hufton A, Heinig M, O'Keeffe S, Masri NE, Roider HG, Manke T, Vingron M. (2011)
Transcription factor binding predictions using TRAP for the analysis of ChIP-seq data and regulatory SNPs.

Einheit für Bioinformatik

Einheit für Bioinformatik

Wie stark Gene abgelesen werden, wird durch eine Vielzahl an Mechanismen kontrolliert, zum Beispiel durch die sequenz-spezifische Bindung von Transkriptions-Faktoren an die DNA, durch epigenetische Signale oder auch durch den dynamischen Zustand des Chromatin. Um ein unverzerrtes Verständnis dieser Vorgänge zu erhalten, sind groß angelegte Experimente und die Möglichkeit notwendig, Genom-weite Daten zu analysieren. Neben der Unterstützung vieler Projekte von Forschungsgruppen am MPI-IE, steht die Einheit in engem Austausch mit der Einheit für Deep-Sequenzierung. Denn diese erzeugt Daten in beispielloser Auflösung, Geschwindigkeit und Umfang.

Die Einheit für Bioinformatik betreibt ein leistungsstarkes Datenzentrum (über 400 Cores und 100TB Speicherkapazität) für erste Analysen der Sequenzierdaten und für großskalige Biocomputing-Aufgaben. Für die interne Nutzung bieten wir umfangreiche Web-Services, Workflows und maßgeschneiderte Programme, die das Datenmanagement, die Visualisierung, standardisierte Analysen und das Teilen von Daten unterstützen.

Gemeinsam mit der Einheit für Tiefensequenzierung sind wir an größeren Netzwerken für Epigenom-Forschung beteiligt (Deutsches Epigenom Programm DEEP, SFB 992 "Medizinische Epigenetik") und unterstützen diese Projekte mit unserer Erfahrung in der Erstellung von Daten der Tiefensequenzierung und in deren Analyse.

Um unseren Kollegen bei der Interpretation der Genom-weiten Daten zu helfen, bietet die Einheit regelmäßig Trainings-Kurse und interaktive Tutorials an.

Weitere Informationen zu den Services der Einheit für Bioinformatik finden Sie auf der englischen Seite.

'Heatmaps' sind sehr nützlich, um genomweite Daten darzustellen, etwa wichtige Histon-Marker an allen wichtigen menschlichen Genen. Bild vergrößern
'Heatmaps' sind sehr nützlich, um genomweite Daten darzustellen, etwa wichtige Histon-Marker an allen wichtigen menschlichen Genen.
 
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