Labor Ritwick Sawarkar

Labor Ritwick Sawarkar

Chromatinsteuerung von Stressreaktionen

Eine typische Metazoen-Zelle liest nur einen Bruchteil der Gene ab, die sie von der Mutterzelle geerbt hat. Wie aber entscheidet die Zelle, welche Gene exprimiert werden sollen? Organismen haben ein ausgeklügeltes Logistik-Netzwerk entwickelt, das Gene für die Expression auswählt. Ein wesentliches Element in diesen Netzwerken ist Chromatin, das die Aktivität des RNA-Polymerase-Enzym-Komplexes beeinflusst.

In den vergangenen Jahren wurde nachgewiesen, dass RNA-Polymerase II (pol II) zu Promotoren mehrerer Gene geleitet wird, aber kurz darauf pausiert. Dies scheint für die Gen-Regulation ein kritischer, geschwindigkeitsbestimmender Schritt zu sein. Die genauen Ursachen und Konsequenzen dieses Vorgangs, insbesondere im Zusammenhang mit Chromatin, sind weitgehend unbekannt. Darüber hinaus ist noch nicht erforscht, welche Rolle die Fehlregulation des pol II-Pausierens in Krankheiten wie Krebs spielt.

Unter Verwendung von Systembiologie, Genetik und Analysen einzelner Zellen in Drosophila und Säuger-Systemen werden wir die grundlegenden Prinzipien beleuchten, die den Wechselwirkungen von Chromatin und RNA pol II-Pausen zugrunde liegen.


Ausgewählte Publikationen

1.
Rawat P, Boehning M, Hummel B, Aprile-Garcia F, Pandit AS, Eisenhardt N, Khavaran A, Niskanen E, Vos SM, Palvimo JJ, Pichler A, Cramer P and Sawarkar R (2021)
Stress-induced nuclear condensation of NELF drives transcriptional downregulation
Molecular Cell 81
2.
Aprile-Garcia F,  Tomar P, Hummel B, Khavaran A & Sawarkar R (2019)
Nascent-protein ubiquitination is required for heat shock-induced gene downregulation in human cells
Nature Structural & Molecular Biology 26, 137-146
3.
Hummel B, Hansen EC, Yoveva A, Aprile-Garcia F, Hussong R & Sawarkar R (2017)
The evolutionary capacitor HSP90 buffers the regulatory effects of mammalian endogenous retroviruses
Nature Structural & Molecular Biology, 30 January 2017 (AOP)

Unsere neueste Publikation Hummel et al. 2017:

4.
Sawarkar R and Paro R (2013)
Hsp90@chromatin.nucleus: an emerging hub of a networker.
Trends in Cell Biology 23(4), 193-201.

The article was chosen as one of the “Top 10 Editorial Board Favorites for 2013”.
5.
Sawarkar R, Sievers C and Paro R (2012)
Hsp90 globally targets paused RNA polymerase to regulate gene expression in response to stimuli.
Cell 149(4), 807-818.
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